Pada tahun 1980-an yaitu Simbah KH. Muntaha Al Hafidz memberikan “dawuh” kepada KH. Abdul Ghofir Yusuf dan Ibu Ny. Hj. Istiqomah Masykur untuk mendirikan sebuah pondok pesantren, hal yang bagi beliau berdua merupakan Amanah dan tanggung jawab yang luar biasa, sehingga saat itu KH. Abdul Ghofir Yusuf dan Ibu Ny. Hj. Istiqomah Masykur juga meminta petunjuk kepada Simbah K.H Masykur, yang merupakan ayahanda dari Ibu Ny. Hj. Istiqomah Masykur, singkat cerita atas dawuh dari Simbah KH. Muntaha Al Hafidz dan restu dari Simbah KH. Masykur berdirilah Pondok Pesantren Fatkhul Mu’in Ali Masykur.

Seiring berkembangnya waktu, Alhamdulillah Pondok Pesantren Fatkhul Mu’in Ali Masykur mampu terus menerus meningkatkan dan mengembangkan pendidikannya, terbukti sampai sekarang Pondok Pesantren Fatkhul Mu’in Ali Masykur sudah mempunya 3 model Pendidikan :

1.       Pendidikan Non Formal Madrasah Kutubut Turats

2.       Pendidikan Non Formal Madrasah Tahfidzul Qur’an sampai Qira’ah Sab’ah

3.       Pendidikan Formal setingkat SMP, yaitu SMP ALFA Ali Masykur

Dan dengan didukung para guru lulusan S1 dan S2 dalam dan luar negeri, Pondok Pesantren Fatkhul Mu’in Ali Masykur juga mempunyai beberapa program unggulan, seperti

1.       One day one juz

2.       Program pengembangan kutubut turats dengan metode talaqqil (program ekstensi memahami kitab kuning) dengan dibimbing langsung oleh lulusan S1 dan S2 dalam dan luar negeri

3.       POSKESTREN (Pos Kesehatan Pesantren) dengan langsung pengawasan dari tenega kedokteran dari Pondok Pesantren dan bekerjasama dengan pos kesehatan yang lain

4.       Musyawarah sarana menguatkan pemahaman santri

5.       Dan program program lain yang menunjang Pendidikan masa depan santri

Tentu program program diatas juga ditunjang dengan fasilitas yang mumpuni, diantara adalah :

1.       Masjid dan Mushola milik Pondok Pesantren

2.       Ruang kelas yang representatif

3.       Lingkungan yang ASRI

4.       Toilet yang memadai

5.       Air bersih yang telah lulus uji laboratorium Dinas Kesehatan Wonosobo

Dan fasilitas fasilitas penunjang lainnya