Pondok Pesantren Mahasiswa Putri UNSIQ adalah salah satu Pondok Pesantren yang ada di Kalibeber. Menurut sejarahnya, setelah KH. Muntaha., Alh mendirikan Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) yang sekarang menjadi Universitas Sains Al-Quran (UNSIQ) pihak kampus menginginkan agar mahasiswa Akademi Keperawatan selain mahir dalam akademik mereka juga dibekali ilmu agama. Namun, pada saat itu belum ada tempat yang menjadi wadah bagi mahasiswa tersebut, sehingga para mahasiswa ditempatkan di rumah dosen sekitar kampus untuk belajar ilmu agama lebih dalam. Pada tahun 2008 berdirilah gedung tinggi di dekat kampus, akhirnya para mahasiswa dipindahkan ke gedung tersebut. Gedung tersebut diberi nama RUSUNAWA (Rumah Susun Mahasiswa). Pada tahun 2011 RUSUNAWA diresmikan menjadi PONPESMA PUTRI UNSIQ (Pondok Pesantren Mahasiswa Putri UNSIQ) yang diasuh oleh Dr. KH. Asyhar Kholil., Lc., M.A., Alh dan Hj. Nura Fajria., Lc., M.A., Alhz hingga saat ini. Seiring berjalannya waktu, selain Ponpesma diwajibkan untuk mahasiswa kesehatan, Ponpesma juga menerima santri dari Fakultas lain.