Sebagai bagian dari hidmah dan nderek dawuh para Masyayih terutama Murobbi Ruh Syekh KH. Muntaha Alhafidz dan KH. Muhammad Zain dan setelah lama bermunajat maka walaupun dengan sangat berat hati maupun mental dengan sepenuh daya dan upaya memberanikan diri sekaligus semata mengharap keberkahan para Masyayih dan Kiyai Kiyai yang berkenan ndawuhi sekaligus mendorong untuk Nashrul Ilmi maka pada tahun 2006 berdirilah sebuah pengajian kecil yang diikuti oleh beberapa anak yang lambat laun kemudian atas desakan orang tua wali yang menitipkan putra putra putrinya untuk menyiapkan kamar bagi santri yang mau tinggal bersama dan menginap. Perkembangan berikutnya bertambahlah santri yang kepingin

bersama-sama untuk belajar maka dengan sendirinya membutuhkan fasilitas yang mencukupi terutama kebutuhan tempat tidur maka semula yang bernama majelis talim diganti dengan dengan Pondok Pesantren Al-Qur'an Safiinaturnaja yang memiliki filosofi sebagai media untuk menjadi Kawah Condrodimuko pembentukan Insan Kamil yang terjiwal dari kemapanan dan kemantapan ilmu yang diimbangi dengan karakter tradisi pesantren salaf yang adi luhung dengan harapan akan menjadi pijakan untuk selamat dan bejo dunianya dan akhiratnya laksana kapal Nabi Nuh AS yang membawa keselamatan (Safiinatunnaja).

Berdasarkan sekelumit kondisi tersebut diatas PPQ Safiinatunnaja selalu berbenah dengan menyelaraskan kebutuhan kekinian terutama untuk mendukung keterampilan dan pembentukan karakter yang tentunya tidak meninggalkan tradisi asli model pesantren salaf dengan prinsip Al-Muhofadratu Ala Al-Qadimi Al-Shalih Wal Akhdu Bi Aljadidi Ashlah. Kondisi ini kemudian didukung dengan lingkungan ilmu yang tumbuh di sekitar kalibeber baik bagi siswa tingkatan SMP,MTS, SMA,SMK,MA maupun juga para mahasiswa yang kuliah di perguruan tinggi begitu juga menjadi cukup strategis bagi santri yang memang hanya minat untuk Takhassus menghafal Al-Qur'an dan mengkaji kitab salaf.