Pondok Pesantren ini diasuh oleh seorang kyai yang merupakan alumni Pondok Pesantren “An-Nur” Kersan, Tegorejo, Kendal alumni “Al-Anwar” Karangmangu, Sarang, Rembang, dan alumni sekaligus mantan lurah  “PPTQ Al-Asy’ariyah” periode 2003-2005 yaitu KH. Ahmad Muhammad Taubatan Nasuha, Alh. M.Ag

Pada tahun 2001 diberi amanat Mbah Muntaha Alh, untuk membuka pendidikan SMP Filial di Dero Duwur, pada waktu sore dan malamnya beliau berinisiatif untuk membuat pengajian dan belajar yang arahnya untuk dijadikan pondok pesantren, dan berkembang sampai sekarang.

Pada tahun 2007, beliau merintis Pondok Pesantren di Sarimulyo, Kalibeber, atas saran dan istikhoroh Kyai Khos yaitu KH. Nor Khamid Alh. “Buatlah Pondok Pesantren pada tanggal 1 Muharram dan resmikan pada tanggal 10 Muharramnya, kelolalah santri dengan telaten dan sabar, walau hanya 1 orang atau 9 orang.

Pondok Pesantren ‘Ulumul Qur’an berdiri pada tanggal 1 Muharram 1429 H, tepatnya tanggal 10 Januari 2008. Letaknya strategis dan mudah dijangkau karena berada di lingkungan UNSIQ Jawa Tengah dan tepat di belakang MTsN 2 Wonosobo