Pondok Pesantren Ittihadut Tholibin merupakan Pondok Pesantren Ittihadut Tholibin yang didirikan oleh Dr. KH. Ikhwan Qomary M.Ag dan Nyai Hj. Umi Fatma S.H.,Alhdz pada tahun 1988. Awalnya Pondo Pesantren ini hanya digunakan untuk tempat mengaji yang belum memiliki bangunan tempat tinggal santri, karena belum memiliki bangunan, maka kegiatan mengaji Pondok Pesantren ini masih tergabung dengan Pondok Pesantren Tahfidzul Qur’an Al-Asya’ariyah. Pondok Pesantren ini juaga mendampingi berdirinya IIQ (UNSIQ).

            Pondok Pesantren ini membangun bangunan pertamanya pada tahun 1990, Bangunan tersebut terdiri dari tiga kamar dan satu mushola yang sekarang dijadikan sebagai asrama putri dan tempat mushola putri, dilanjutkan pada tahun 1995 membangun dua kamar dibawah ndalem dan perpustakaan diatas ndalem, dilanjutkan membangun satu Gedung berlantai 2 dengan tiga kamar. Pada tahun 2004-2005 membangun gedung berlantai  4 untuk asrama putra, , tahun 2013-2014 membangun gedung berlantai 3 dan tahun 2017-2018 menambah satu Gedung berlantai 4, sehingga untuk asrama putra sendiri ada 3 gedung, dan yang belum lama ini, pada tahun 2021 membangun satu gedung berlantai 2 untuk asrama putri.

            Nama “Ittihadut Tholibin” yang dipilih sebagai nama Pondok Pesantren memiliki arti “Persatuan orang-orang yang mencari ilmu”. satu alasan nama ini dipilih karena Pondok Pesantren ini memiliki santri dari berbagai jenjang sekolah yang bersama-sama mencari ilmu.