Pondok Pesantren berperan penting dalam pembangunan Sumber Daya Manusia (SDM), terutama. di bidang pembangunan karakter dan perilaku beragama. ,Oleh sebab itu pondok pesantren menitik beratkan pada proses pembelajaran keagamaan yang bersifat aplikatif.

Pondok Pesantren Al-Muzani merupakan salah satu Pondok Pesantren Mitra Univeristas Sains Alquran (UNSIQ) di Kampung Mekarsari Desa Kalibeber. Pondok Pesantren ini baru dimulai pembangunannya pada awal tahun 2018. Dari 15 kamar besar yang dibangun (setiap kamar berukuran 18 m²  dengan teras 6 m²) alhmadulillah 10 kamar sudah siap huni baik untuk mahasiswi UNSIQ, maupun siswi SMK Takhasus Alquran dan lainnya.. 

Pondok Pesantren ini memiliki visi “Teguh Beragama, Nyata dalam Amalan” dengan misi mengembangkan kurikulum Alquran dan Hadist, serta Wawasan Keislaman Ahlus Sunnah wal Jama’ah.