PPTQ Al-Asy’ariyyah III merupakan pondok pesantren yang mulai berdiri sejak tahun 2007, lebih tepatnya pada tanggal 16 Juli 2007 yang didirikan oleh KH. Khoirullah Al-Mujtaba., S.HI atau bisa lebih akrab dikenal dengan panggilan Abuya, beliau merupakan cucu dari pendiri pondok pesantren Al-Asy’ariyyah yaitu KH. Muntaha Al-Hafidz. Abuya juga merupakan murid dari Al-Habib Salim bin Abdullah Asy-syathiri dari Ma’had Rubath Tarim Hadromaut, Yaman yang terkenal dengan keluasan ilmunya dan memiliki julukan sebagai “Sulthonul ‘Ilmi”.

Selepas kepulangan beliau dari Yaman, Abuya mulai menyebarkan ilmu yang beliau dapat dari sana dan mulai menerapkan metode pendidikan dari Rubath Tarim, dimulai dari pengajaran pada pengajian diniyyah di PPTQ Al-Asy’ariyyah, namun penerapan metode pendidikan tersebut tidak berlangsung lama dan hanya bertahan sampai sekitar 4 bulan saja, lalu atas perintah ayahanda beliau yang bernama KH. Faqih Muntaha Al-Hafidz yang memerintahkan agar membangun cabang pondok Al-Asy’ariyyah, tak berlangsung lama setelah perintah tersebut, dengan ridho-Nya Allah swt akhirnya Abuya mulai meletakkan batu pertama pondok pesantren pada tanggal 1 Ramadhan 1427 H atau tanggal 24 September 2006 M. Sebelumnya Abuya juga pernah diberikan ridho dari guru beliau Al-Habib Salim bin Abdullah Asy-Syathiri saat berkunjung ke Indonesia pada tahun 2006 yang menyampaikan pesan agar melanjutkan perjuangan beliau di tanah Indonesia dengan cara mendirikan pondok pesantren.

Dimulai dari tahun 2007, PPTQ Al-Asy’ariyyah III memulai membuka pendaftaran santri baru, pada tahun tersebut dengan sangat mengejutkan Abuya mendapatkan titipan dari Habib Husain Assegaf yaitu cucu beliau yang bernama Habib Nuha Assegaf bin Abdullah Assegaf dari Jogjakarta untuk dititipkan di PPTQ Al-Asy’ariyyah III dan sekaligus menjadi santri pertama dari Abuya. Pada tahun awal, santri yang berada di PPTQ Al-Asy’ariyyah III masih berjumlah puluhan saja, lalu tahun-tahun berlalu santri dari Abuya semakin bertambah dari puluhan menjadi ratusan sehingga memerlukan lokasi yang lebih luas, dan pada akhirnya Abuya menambahkan komplek baru PPTQ Al-Asy’ariyyah III tepat di depan pondok pesantren milik KH. As’ad Al-Hafidz. PPTQ Al-Asy’ariyyah III pada tahun sekarang ini telah dihuni oleh kurang lebih 350 santriwan/santriwati dari berbagai jenjang pendidikan, mulai dari SMP, SMA/SMK dan Perguruan Tinggi.