Ide pendirian Ponpesma yang diperuntukkan bagi Mahasiswa sudah lama dipikirkan, yaitu sejak kepemimpinan Rektor pertama IIQ yaitu KH. Muntaha Al Hafidz. Tahun 1999, ketika berdiri Akademi Keperawatan IIQ, setiap mahasiswa Akper diwajibkan untuk tinggal di Asrama.

Pada tahun 2007 UNSIQ mendapatkan bantuan bangunan Rusunawa lewat Direktorat Pekerjaan Umum RI. Bangunan tersebut kemudian dipergunakan untuk Ponpesma Putri UNSIQ, sampai saat ini jumlah santri kurang lebih 300 santri.

Sepuluh tahun kemudian, pada tahun 2017 dibangunlah Rusunawa ke 2 di Kampus UNSIQ 2 desa Krasak Wonosobo, Rusunawa tersebut direncanakan akan digunakan untuk Pondok Pesantren Tahfiz Putra UNSIQ. Pada bulan November 2018 diharapkan Rusunawa sudah beroperasional sebagai Pondok Pesantren Tahfidz Putra UNSIQ.