Pondok Pesantren Hidayatul Qur’an berdiri pada tahun 1993 yang didirikan oleh Dr. KH. Ahsin Wijaya Alh. M. A. Beliau adalah sosok kyai yang menonjol dalam bidangg ke-Al Qur’anan, seperti Ulumul qur’an, Tafsirul Qur’an, Qiro’ah Sab’ah, Qira’at Asyrah, Naghomul Qur’an, dll.  Kyai Ahsin atau yang lebih akrab dipanggil denga Abah Ahsin lahir di Bantul, 23 Juli 1957 dari ayah yang bernama KH. Mayshoedi HM Pendiri (Pondok Pesantren Salafiyyah Adrul Qur’an Klaten) dan Ibu Ny. Hj. Zuhriyyah. Bdeeliau ,eme,puh pendodokan dasarnya di Sekolah Dasar (SD) Negeri Karangnongko Klaten pada tahun 1071, melanjutkan di PGAN 6 tahun di Wonokromo, kemudian melanjutkan studi S-1 nya di Perguruan Tinggi Ilmu Al-Qur’an (PTIQ) Jakarta, S-2 beliau tempuh di IAIN Walisongo, Semarang Jawa Tengah pada tahun 2002, sedangkan S-3 nya beliau tempuh di UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta pada tahun 2016.

Kyai Ahsin adalah murid dari Simbah Kyai Wahab yang beliau adalah murid KH. Munawwir Krapyak. Pada tahun-tahun setelah beliau mengembara ilmu agama atau pada masa mudanya, beliau berhijrah ke kota Wonosobo yaitu pada tahun 1991. Setelah bermukim kurag lebih 2 tahun, akhirnya pada tahun 1993  atas dukungan dari masyayikh dan masyarakat beliau melangkah dengan niat yang kuat untuk merintis sebuah pondok pesantren yang bernama Hidayatul Qur’an.